Нарымский край, Енисейск, деревня Хая, деревня Плахино, Туруханск и снова Ташкент – вот география последующих пяти лет жизни В.Ф. Войно-Ясенецкого. Им предшествовало открытие Туркестанского университета и первый арест, за которым последовала скорая смерть супруги Анны. «Позже мы узнали, что в тот же день вечером в огромной казарме мастерских была устроена ужасная человеческая бойня, были убиты солдаты Туркменского полка и многих горожане. А моя бедная Аня знала, что меня арестовали, куда увели, и пережила ужасные часы до моего возвращения. Это тяжелое душевное потрясение крайне вредно отразилось на ее здоровье, и болезнь стала быстро прогрессировать», — вспоминает В.Ф.
Летом 1921 года в Ташкентском суде прозвучали знаменитые слова: «Бога я действительно не видел, гражданин общественный обвинитель, но я много оперировал на мозге и, открывая черепную коробку, не видел там также и ума…».
1923 год – ссылка в Нарымский край: «Я остался один в своем помещении. Это была довольно просторная половина избы с двумя окнами, в которых вместо вторых рам были снаружи приморожены плоские льдины. Щели в окнах не были ничем заклеены, а в наружном углу местами был виден дневной свет. На полу в углу лежала куча снега», – такова была жизнь в деревне Плахино.
В декабре 1925 года вышло постановление об освобождении, а в 1929 – новое дело, вновь ташкентская тюрьма, куда ему передали рукопись «Очерков…», которые он заканчивал в тюрьме, как и начинал. Новая ссылка в Северный край – Котлас, Архангельск.
1934 год – возвращение в Ташкент и издание «Очерков гнойной хирургии, приобретших мировую известность, и утверждение степени доктора медицинских наук, а в 1937 – новый арест, допросы, ссылка в Красноярск, Большую Мурту, Томск, служение на Красноярской кафедре, работа хирургом в красноярской больнице.
А потом была война.
«Я, епископ Лука, профессор Войно-Ясенецкий… являясь специалистом по гнойной хирургии, могу оказать помощь воинам в условиях фронта или тыла, там, где будет мне доверено. Прошу ссылку мою прервать и направить в госпиталь. По окончании войны готов вернуться в ссылку. Епископ Лука».
Не отрываясь от работы в госпитале, архиепископ Красноярский Лука продолжает управлять епархией, добивается восстановления маленькой церкви, единственной на тот момент в Красноярске.
Памятник Святителю Луке в Красноярске 
Церковь Святителя Луки в Большой Мурте Надпись на памятнике Войно-Ясенецкому в Красноярске
В начале 1944 года В.Ф. Войно-Ясенецкий получает телеграмму о переводе в Тамбов.
